ПРОТЕКТА е създадена от участниците в Студентския протест '96 / 97-ма година, като целтта й е чрез дейността си да фокусира енергията на младите хора към положително социялно въздействие на местно и национално ниво. Въпреки че е регистрирана през 1998 г., ПРОТЕКТА започва дейността си през 1997 година, като неформална група.

Най-важната стъпка в развитието на организацията е отварянето на Информационен центар за НПО в Южна Сърбия през януари 2000-та година. По времето на големия натиск от страна на режима на Милошевич върху медиите и неправителствените организации, Информационния Център ПРОТЕКТА информира активистите от неправителствения сектор за текущите събития, възможностите за сътрудничество, получаване на средства и действа в посока на създаване на гражданско общество в Сърбия. По това време активистите и управлението на ПРОТЕКТА са арестувани няколко пъти от полицията и разпитвани.

Благодарение на образованието на своите членове и ангажирането им за решаване на проблемите на общините в Южна Сърбия, ПРОТЕКТА привлече голям брой донатори. През 2000 год. са реализирани три проекта с годишен бюджет от 30 000.00 марки. Голям брой млади хора със своите идеи и ентусиазъм, помогнаха на ПРОТЕКТА да израстне, създаде нови проекти и придобие нови приятели. Така се създадоха екипите на ПРОТЕКТА, чрез които младите хора могат да получават информация и да реализират идеите в областите които ги интересуват. От година на година, с нарастващата подкрепа на донаторите, ПРОТЕКТА израства, както структурно така и програмно.